Năm Gia Tĩnh thứ 26 (1547), ngày 18 tháng 11 âm lịch, cung Khôn Ninh bị hỏa hoạn. Các thái giám tới báo việc với vua và xin phái quân tới cứu Hoàng hậu, vua không trả lời. Do đó Phương Hoàng hậu chết trong biển lửa[1]. Thế Tông vì biết ơn bà đã cứu mạng mình [cần dẫn nguồn] nên đã hạ lệnh táng Phương Hoàng hậu theo nghi thức của Hoàng hậu nguyên phối (chính thất đầu tiên của hoàng đế), táng tại Vĩnh lăng (永陵), thuỵ là Hiếu Liệt Hoàng hậu (孝烈皇后)[2].

Năm Gia Tĩnh thứ 35 (1556), vì sùng Đạo giáo nên thế Tông đã thêm thuỵ cho bà là Cửu Thiên Kim Khuyết Ngọc Đường Phụ Thánh Thiên Hậu Chưởng Tiên Diệu Hoa Nguyên Quân (九天金闕玉堂輔聖天后掌仙妙化元君). Trước khi mất, Thế Tông đã di chiếu cho hợp thờ ông và Phương hậu ở Thái miếu[3].

Minh Mục Tông Long Khánh đế, con trai của Thế Tông, đã không công nhận Phương hậu là hoàng hậu chính thất của cha mình. Mục Tông sau đó đã ban thuỵ cho Trần Hoàng hậu (nguyên phối đầu tiên của Thế Tông), cải táng bà ở Vĩnh lăng, hợp thờ ở Thái miếu. Còn Phương Hoàng hậu thì cải thuỵ thành Hiếu Liệt Đoan Thuận Mẫn Huệ Cung Thành Chi Thiên Vệ Thánh Hoàng hậu (孝烈端順敏惠恭誠祗天衛聖皇后), dời thần chủ đến Hoằng Hiếu điện (弘孝殿)[3].